Desventajas:

 En primer lugar, destaca la necesidad de un espacio de dimensiones notablemente mayores que las de cualquier otro quirófano ya que además del volumen de los diferentes equipos se requiere de la intervención de un mayor número de personas que en un quirófano convencional. También hay que tener en cuenta la necesidad de desplazamiento de diferentes tipos de monitores y otros aparatos, dependiendo del tipo de cirugía que se realice. Además se requiere un blindaje de plomo que entre otras características debe ser de un espesor de 2 a 3 mm. 

Esto, más el equipamiento implica que la construcción debe tener características especiales para soportar tal cantidad de peso. Por otro lado el diseño interior de la sala debe ir en relación al flujo de trabajo, ya que todas las partes tienen un orden y necesidades específicas según corresponde a la labor que realizan. En un quirófano de este tipo se requieren diferentes tipos de iluminación, como luz ambiental, iluminación sobre la mesa de cirugía en diferentes posiciones, cabezales de iluminación auxiliar y otros. Debe estar todo colocado y poder manejarse de manera que no haya interferencias con cabezales y otros equipos. 





A pesar de lo anterior, actualmente existen en el mercado salas de cirugía híbrida prefabricadas o modulares, lo que representa grandes ventajas tanto en diseño como en funcionalidad y precio. E También hay que considerar los niveles de radiación emitidos y requeridos por los implementos. Los diferentes aparatos como los arcos en C y algunos otros trabajan con muy altos niveles de energía por lo que en un quirófano híbrido existe la necesidad de controlar meticulosamente la dosis de radiación aplicada. 

Como se puede apreciar, en el diseño de un quirófano híbrido no solo se trata de diseñar un espacio ultramoderno y funcional de dimensiones adecuadas, sino que hay un sinnúmero de detalles a considerar, todos ellos contemplados en los reglamentos de homologación para el diseño, construcción o fabricación de este tipo de espacios. La finalidad de dicha reglamentación es para protección tanto de pacientes como del personal que lo utiliza y en general de todo el hospital. No hay que olvidar los altos costos monetarios que implica la construcción y preparación de un quirófano híbrido, que obviamente en países económicamente poco desarrollados no sería posible la introducción de tales tecnologías. Además, todos los implementos son de última generación, lo que conlleva a gastos impensables.